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­WiNoDa x DiSSCo Online Hackathon: Advancing Specimen Data

Oktober 14 - Oktober 15

Arbeitet ihr in einem Naturkundemuseum und möchtet den Zugang zu Sammlungsdaten vereinfachen? Habt ihr ein Tool oder eine Anwendung entwickelt und möchtet diese an größere Infrastrukturen anbinden, damit mehr Menschen die Daten nutzen können? Dann ist der diesjährige DiSSCo x WiNoDa Hackathon genau das Richtige für euch!
Seid dabei und erlebt zwei Tage lang praktisches Hacking mit objektbezogenen Daten aus naturwissenschaftlichen Sammlungen. Schließt euch mit Gleichgesinnten zusammen, meistert gemeinsam eine Herausforderung und setzt eure Ideen mit Unterstützung unserer Expert*innen in die Tat um.

Wer sind die Veranstalter?
  • Der Hackathon wird gemeinsam von der Gesellschaft für Biologische Daten e.V. (GFBio) und dem Naturalis Biodiversity Center organisiert.
    GFBio ist eine führende, deutschlandweit tätige Initiative für das Management biologischer Daten und fungiert als zentraler Partner des WiNoDa Knowledge Lab.
  • Das Naturalis Biodiversity Center mit Sitz in Leiden, Niederlande, ist ein Forschungsinstitut und Naturkundemuseum der Spitzenklasse, das sich der Dokumentation der globalen Artenvielfalt widmet. Naturalis leitet die Entwicklung der zentralen Dateninfrastruktur für DiSSCo (Distributed System of Scientific Collections), das digitale Abbilder von Objekten aus naturkundlichen Sammlungen erstellt, die als „Digital Specimens“ bezeichnet werden.
Welche Möglichkeiten gibt es?

In kleinen Teams lernt ihr, Machine Annotation Services (MAS) zu entwickeln und direkt an die DiSSCo-Infrastruktur anzubinden. Diese automatisierten Dienste verarbeiten digitale Proben, um wichtige Bewertungen der Datenqualität, Fehlerkorrekturen oder Verknüpfungen zu abgeleiteten wissenschaftlichen Daten (wie beispielsweise Gensequenzen) bereitzustellen. Ihr könnt mit den von der Plattform bereitgestellten Probendaten arbeiten oder eure eigenen Datensätze mitbringen (die vor der Veranstaltung in die Infrastruktur integriert werden müssen).

Unsere Expert*innen stehen sowohl bei technischen als auch bei konzeptionellen Fragen zur Seite.
Für diesen Hackathon begrüßen wir insbesondere MAS-Anwendungen, die die Grundlage für andere MAS-Dienste schaffen, indem sie die Bildqualität bewerten und die KI-Eignung verbessern. Mögliche MAS-Anwendungen sind unter anderem:
  1. ROI-Segmentierung: Automatische Identifizierung und Isolierung von Bereichen in einem Bild, die Beschriftungen, Stempel, Organismen, Präparationsmaterialien, Lineale oder Farbbalken enthalten.
  2. KI-Eignungsprüfung und Bildqualitätsprüfung: Bewertung der Bildschärfe (Unschärferkennung), der Gleichmäßigkeit der Beleuchtung sowie der Ausrichtung oder des Darstellungszustands des Organismus.
  3. Analyse des Zustands von Proben: Erkennung von physischen Beschädigungen, Fragmentierung oder Anzeichen eines Schädlingsbefalls an physischen Objekten.
  4. Anreicherung technischer Metadaten: Extraktion und Validierung erweiterter Metadaten wie Farbräume, Komprimierungsstufen, Auflösung und Umrechnung von Linealmaßen in Pixel.
  5. Historische und kontextbezogene Analyse: Identifizierung von Sammler*innen und Kurator*innen anhand von Handschrifterkennung oder Erkennung von Sprachen auf Etiketten.
Möchtet ihr vorab sehen, was alles möglich ist?
Um einen Eindruck davon zu bekommen, was frühere Teams entwickelt haben, schaut euch die Projektzusammenfassung des letzten DiSSCo-Hackathons auf Zenodo an.
Wer kann teilnehmen?

Wir heißen insbesondere Softwareentwickler*innen und Datenwissenschaftler*innen herzlich willkommen, die einen echten Beitrag zur Forschung in den Naturwissenschaften leisten möchten.

Alle, die mit objektbasierten Probendaten arbeiten, sind ebenfalls eingeladen, sich zu Hack-Teams zusammenzuschließen.

Wir bringen Menschen aus allen Bereichen zusammen, die sich mit der Geschichte der Erde und der Menschheit beschäftigen: Biodiversitätsforschung, Archäologie, Geowissenschaften und spezialisiertere Gebiete wie Paläontologie, Archäobotanik oder Mineralogie.
Wir freuen uns außerdem auf Teilnehmer*innen aus der (Bio-)Informatik, die neugierig sind, tiefer in die Welt der naturwissenschaftlichen Sammlungsdaten einzutauchen. Wenn ihr lernen, experimentieren und interdisziplinär zusammenarbeiten möchtet, ist dies die perfekte Möglichkeit.
Wie sieht der Zeitplan aus?
  • 31. August: Anmeldeschluss
  • 14. September: Virtuelles Kick-off-Meeting
    • Eine Einführung in die DiSSCo-Plattform, ein Überblick über mögliche MAS-Projekte und die Gelegenheit, eigene Ideen vorzustellen. Die Teams werden bis zum Ende dieser Sitzung endgültig festgelegt.
  • 14.–15. Oktober: Der Hackathon
    • Zwei Tage intensives, gemeinsames Hacken, das am zweiten Tag mit Projektpräsentationen endet.
Habt ihr eine grobe Idee oder ein konkretes Problem, das ihr angehen möchtet? Teilt es uns einfach im Anmeldeformular mit! Ihr könnt euch als Einzelperson oder als bereits bestehendes Team anmelden.
Weitere Informationen:

Dokumentation für MAS-Entwickler
Wenn ihr Fragen habt, kontaktiert uns gerne per E-Mail: winoda@gfbio.org

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